魚蛋白腖是按照原料分類的一種分類方法，雖然魚蛋白腖的等級受到原料的影響，但是一般只要是無汙染的原料都可能加工成為醫藥級蛋白腖，最終的核定標準還是要看雜質的含量。而雜質的含量取決於魚蛋白腖的生產技術。
一般來說，生產合格的醫藥級魚蛋白腖主要還是用於培養基使用，培養基可以說是對魚蛋白腖的最高禮遇了，用於培養基的魚蛋白腖都是純度最高的魚蛋白腖。但是要求魚蛋白腖的生產從原料、加工、酶化分解、成型包⌘裝一些列過程都不能有所汙染。
對於生產技術並不嫻熟的廠家，採用無汙染原料可能也只能製作出食品級魚蛋白腖，對於酶化分解的技術掌握不好或者肉糜分離過濾以及濃縮過程中雜質分離不徹底等等，都有可能使魚蛋白腖的等級下降，從而導致魚蛋白腖只能用於食品級。
還有一些變質魚產品、來路不明的魚產品或者有汙染的魚產品，生產出⌘來的魚蛋白腖就只能淪落為工業蛋白腖，最終用於電鍍、塗料等工業使用了。
魚蛋白腖的用途沒有固定的，他的用途取決於產成品的等級，而產成品的等級取決於生產工藝和原料有關，這一點⌘牛骨蛋白腖、魚蛋白腖和大豆蛋白腖都是同樣的道理。
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